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情報工学科 所属教員一覧

遠里 由佳子 Yukako TOHSATO TOHSATO yukako

  • 所属部署
    情報通信工学部 情報工学科 准教授
    大学院 工学研究科 情報工学専攻 准教授
  • 専門分野
    生命情報学
  • 研究テーマ
    生命科学における情報処理技術の応用, 大規模データ解析
  • URL
  • 経歴
    • 学歴
      1995年3月,九州工業大学情報工学部 卒業
      1997年3月,九州工業大学大学院 博士前期課程 修了
      2002年3月,大阪大学大学院 博士後期課程 修了
    • 職歴
      1997年4月,三菱電機株式会社 勤務
      2000年7月,日本学術振興会 特別研究員(ミレニアム)
      2002年4月,大阪大学大学基礎工学研究科 助手/産学官連携研究員
      2004年4月,立命館大学生命情報学科 講師/助教
      2013年4月,理化学研究所生命システム研究センター 研究員
      2017年4月,大阪電気通信大学 情報通信工学部 情報工学科 准教授
  • 取得学位
    博士(工学) (大阪大学)
  • 受賞、顕彰など
    2009年12月,数理モデル化と問題解決研究会プレゼンテーション賞 受賞
  • 所属学会
    情報処理学会(バイオ情報学研究会, 数理モデル化と問題解決研究会)
    電子情報通信学会(システム数理と応用研究会)
    日本バイオインフォマティクス学会
    日本分子生物学会

遠里 由佳子 Yukako TOHSATO

  • 所属部署
    情報通信工学部 情報工学科 准教授
    大学院 工学研究科 情報工学専攻 准教授
  • 学科・学部の運営


  • 委員会、センター、研究所等の学内組織における活動


  • 本学と外部の産官学機関等との連携活動


  • 高大連携、オープンキャンパス、公開講座などの対外的活動


  • その他

遠里 由佳子 Yukako TOHSATO

  • 所属部署
    情報通信工学部 情報工学科 准教授
    大学院 工学研究科 情報工学専攻 准教授
  • 学部教育(講義)
    情報工学入門(1年前期)
    情報工学概論(1年後期)
    確率統計1(1年後期)
    Cプログラミング入門演習2(1年後期)
    データマイニング4年前期)
    バイオ情報学(4年前期)

  • 大学院教育(講義)
    データマイニング特論(前期)
    計算機統計学特論


  • 論文等指導
    • 卒業論文等の指導: 2名
    • 修士論文等の指導: 名
    • 博士論文等の指導: 名

遠里 由佳子 Yukako TOHSATO

  • 所属部署
    情報通信工学部 情報工学科 准教授
    大学院 工学研究科 情報工学専攻 准教授
  • 著書
  1. 遠里 由佳子,京田 耕司,ホー ケネス,大浪 修一: この一冊で今すぐできる!画像解析手取り足取りガイド 第1章5節 バイオイメージと定量データのデータベース,小林 徹也,青木 一洋 編,53-61,羊土社,2014.
  2. Yukako Tohsato, Natsuko Yamamoto, Toru Nakayshiki, Rikiya Takeuchi, Barry L. Wanner, Hirotada Mori: Protein Function Prediction for Omics Era: 15. Towards elucidation of the Escherichia coli K-12 unknowneome, Daisuke Kihara Ed., 289-306, Springer, 2011.
  • 査読のある学術論文
  1. Yang Sihai, Xianhua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yenwei Chen, Phenotype analysis method for identification of gene functions involved in asymmetric division of Caenorhabditis elegans. Journal of Computational Biology, 24(5), 436-446, 2017.
  2. Xian-Hua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yen-Wei Chen, Nuclear detection in 4D microscope images of developing embryo using enhanced probability map of top-ranked intensity-ordered descriptors, IPSJ Transactions on Computer Vision and Application, 8(8), 2016.
  3. Yukako Tohsato, Kenneth H.L. Ho, Koji Kyoda, Shuichi Onami: SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena, Bioinformatics, 32(22), 3471-3479, 2016.
  4. Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Shuichi Onami: Biological Dynamics Markup Language (BDML): an open format for representing quantitative biological dynamics data, Bioinformatics, 31(7): 1044-1052, 2015.
  5. Yuta Otsuka, Ai Muto, Rikiya Takeuchi, Chihiro Okada, Motokazu Ishikawa, Kouichiro Nakamura, Natsuko Yamamoto, Hitomi Dose, Kenji Nakahigashi, Shigeki Tanishima, Wataru Nomura, Sivasundaram Suharnan, Toru Nakayashiki, Walid Aref, Michael Gribskov, Yukako Tohsato, Barry Bochner, Daisuke Kihara, Tyrrell Conway, Barry Wanner, Hirotada Mori: GenoBase: Comprehensive resource database of Escherichia coli K-12, Nucleic Acids Research, 43(Database issue): D606-D617, 2015.
  6. Takayoshi Tomono, Hisao Kojima, Satoshi Fukuchi, Yukako Tohsato, Masahiro Ito: Investigation of glycan evolution based on a comprehensive analysis of glycosyltransferases using phylogenetic profiling, Biophysics and Physicobiology, 12: 57-68, 2015.
  7. Yukako Tohsato, Kunihiko Ikuta, Akitaka Shionoya, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito: Parameter optimization and sensitivity analysis for large kinetic models using a real-coded genetic algorithm, Genes (Supp. for Proc. of Genome Informatics), 518(1): 84-90, 2013.
  8. Yoshihiko Matsuta, Masahiro Ito, Yukako Tohsato: ECOH: An Enzyme Commission number predictor using mutual information and a support vector machine, Bioinformatics'''''''''''', 29(3): 365-372 , 2013.
  9. Yukako Tohsato, Kanami Monobe, Kenji Suzuki, Toshiya Hayano, Ichiro Kawasaki, Masahiro Ito: Comparative proteomic analysis reveals differentially expressed proteins in Caenorhabditis elegans pgl-1 mutants grown at 20°C and 25°C, Journal of Proteomics, 75(15): 4792-4801, 2012.
  10. Hisao Kojima, Yukako Tohsato, Kazuya Kobayama, Saki Itonori, Masahiro Ito: Biochemical studies on sphingolipids of Artemia franciscana: complex neutral glycosphingolipids, Glycoconjugate Journal, 30(3): 257-268, 2013.
  11. Masahiro Ito, Yukako Tohsato, Hitoshi Sugisawa, Shohei Kohara, Satoshi Fukuchi, Ikuko Nishikawa, Ken Nishikawa: Intrinsically disordered proteins in Human mitochondria, Genes to Cells, 17(10): 817-825, 2012.
  12. Yukako Tohsato, Tomoya Baba, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito, Barry L. Wanner, Hirotada Mori: Environmental dependency of gene knockouts on phenotype microarray analysis in Escherichia coli, Journal Bioinformatics and Computational Biology (Supp. for Proc. of Genome Informatics), 1-17, 2010.
  13. Yukako Tohsato, Yu Nishimura: Reaction similarities focusing substructure changes of chemical compounds and metabolic pathway alignments, IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2: 15-24, 2009.
  14. Yukako Tohsato, Yu Nishimura: Metabolic pathway alignment based on similarity between chemical structures, ’IPSJ Transactions on Bioinformatics', 48(SIG17(TBIO3)), 9-18, 2007.
  15. Yukako Tohsato: A method for species comparison of metabolic networks using reaction profile, IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47(SIG17(TBIO1)), 42-47, 2006.
  16. Takahiro Kosaka, Yukako Tohsato, Susumu Date, Hideo Matsuda, Shinji Shimojo: An OGSA-based integration of life scientific resources for drug discovery, Methods of Information in Medicine, 44(2), 257-261, 2005.
  17. Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda: Heterogeneous database federation using grid technology for drug discovery process, grid computing in life science, Lecture Notes in Bioinformatics, 3370, 43-52, 2005.
  18. Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto: An application of a pathway alignment method to the analysis of metabolic pathways, Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, 5(3 & 4): 179-191, 2003.
  19. 遠里 由佳子,松田 秀雄,橋本 昭洋: パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム,情報処理学会論文誌: 数理モデル化と応用,41(SIG7(TOM3)),41-48, 2000.
  • 査読のある国際会議議事録
  1. Xian-Hua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yen-Wei Chen: Nuclear detection in 4D microscope images using enhanced probability map of top-ranked intensity-ordered descriptors, Proceeding of the 3rd Asian Conference on Pattern Recognition (ACPR2015), 554-558, 2015.
  2. Yukako Tohsato, Kunihiko Ikuta, Akitaka Shionoya, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito: Parameter optimization and sensitivity analysis for large kinetic models using a real-coded genetic algorithm, Proceeding of Genome Informatics, 518(1): 84-90, 2013.
  3. Yukako Tohsato, Tomoya Baba, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito, Barry L. Wanner, Hirotada Mori: Environmental dependency of gene knockouts on phenotype microarray analysis in Escherichia coli, Proceeding of Genome Informatics, 1-17, 2010.
  4. Yukako Tohsato, Hirotada Mori: Phenotype profiling of single gene deletion mutants of E. coli using Biolog technology, Proceeding of Genome Informatics: 42-52, 2008.
  5. Masato Kitajima, Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda: Development of a database system for drug discovery by employing grid technology, Proceedings of the 7th International Conference on High Performance Computing and Grid in Asia Pacific Region (HPCAsia2004), IEEE CS Press, 365-369, 2004.
  6. Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda: Heterogeneous database federation using grid technology for drug discovery process, Proceedings of the First International Workshop on Life Science Grid (LSGRID2004), 53-62, 2004.
  7. Shoko Miyake, Yukako Tohsato, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda: A clustering method for comparative analysis between genomes and pathways, Proceedings of the 8th International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA 2003), 327-334, 2003.
  8. Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto: A multiple alignment algorithm for metabolic pathway analysis using enzyme hierarchy, Proceedings of the 8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2000), 376-383, 2000.
  • 解説
  1. 遠里 由佳子,京田 耕司,ホー ケネス,大浪 修一,生命動態システム科学のデータベースの統合化,日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター,27: 5-6,2013.
  2. 遠里 由佳子,代謝反応メカニズムをセルイラストレータで再現しよう,Infomatic World No.15,2009.
  3. 松田 秀雄,遠里 由佳子,代謝反応パスウェイのアライメントによる類似反応パターンの検出,蛋白質・核酸・酵素, 46(16): 2550-2554,共立出版,2001.
  • 紀要および研究会報告
  1. 杉澤 仁,福田 一,森 浩禎,谷口 忠大,伊藤 將弘,遠里 由佳子,無限関係モデルを用いた大腸菌の表現型マイクロアレイ解析,立命館大学理工学研究所紀要,71: 49-58,2013.
  2. 松田 祥彦,伊藤 將弘,遠里 由佳子,相互情報量とSVMを用いた酵素反応におけるEC番号の推定法の開発,立命館大学理工学研究所紀要,70: 21-28,2012.
  3. 物部 香奈美,遠里 由佳子,早野俊哉,伊藤將弘,線虫Caenorhabditis elegansの発生ステージにおける定量プロテオーム解析,立命館大学理工学研究所紀要, 70: 13-20, 2012.
  4. 松田 祥彦,伊藤 將弘,遠里 由佳子,相互情報量とSVMを用いた酵素反応におけるEC番号の推定手法の開発, 情報処理学会研究報告 バイオ情報学 2011-BIO-26(7): 1-6, 2011.
  5. 小原 祥平,遠里 由佳子,伊藤 將弘,機械学習によるEP2受容体を標的とした化合物の探索手法の開発, 情報処理学会研究報告バイオ情報学 2011-BIO-26(8): 1-2,2011.
  6. 眞崎 優作,伊藤 將弘,遠里 由佳子,大腸菌の中央代謝経路モデルと実数型遺伝的アルゴリズムを用いたパラメータ調節機構の構築,立命館大学理工学研究所紀要,69: 89-97,2011.
  7. 西尾 匡,小島 寿夫,遠里 由佳子, 寺内 白梅 薫,杉田 陸海,糸乗 前,伊藤 將弘,セイヨウミツバチApis mellifera (雄蜂20日齢)におけるスフィンゴ糖脂質の構造解析,立命館大学理工学研究所紀要,69: 99-108,2011.
  8. 石堂 佑典,物部 香奈美,寺澤 彩子,遠里 由佳子,早野 俊哉,伊藤 將弘,培養温度25度における線虫 Caenorhabditis elegansの発生プロテオーム解析,立命館大学理工学研究所紀要,69: 81-88, 2011.
  9. 寺澤 彩子,石堂 佑典,遠里 由佳子,早野 俊哉,伊藤 將弘,2D-DIGEとiTRAQを用いた線虫 Caenorhabditis briggsaeの発生過程における比較定量プロテオーム解析,立命館大学理工学研究所紀要,69: 109-116, 2011.
  10. 遠里 由佳子,西村 悠,化合物の部分構造変化に着目した酵素反応の類似性とその評価,情報処理学会研究報告 バイオ情報学 2008-BIO-15: 111-114, 2008.
  11. 西村 悠,遠里 由佳子,代謝反応パスウェイのアラインメントにおけるZ 値を用いたスコア補正法,情報処理学会研究報告 バイオ情報学 2007-BIO-11: 211-217,2007.
  12. 遠里 由佳子,西村 悠,化合物の構造式の類似性に基づくパスウェイアライメント,情報処理学会研究報告 バイオ情報学 2007-BIO-08: 33-40,第8回バイオ情報学研究会,2007.
  13. 遠里 由佳子,反応プロファイルに基づく異種生物種間の代謝ネットワークの比較,情報処理学会研究報告 バイオ情報学 2006-BIO-05: 97-101, 2006.
  14. 細川 卓哉,高坂 貴弘,遠里 由佳子,伊達 進,下條 真司,松田 秀雄,データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法,情報処理学会研究報告 数理モデル化と問題解決 03-MPS-46: 37-40,2003.
  15. 高坂 貴弘,細川 卓哉,遠里 由佳子,伊達 進,松田 秀雄,下條 真司,OGSA-DAIによる異種バイオデータベースの連携手法とその評価,電子情報通信学会技術研究報告(SWoPP 2003), 103(249),7-12,2003.
  16. 遠里 由佳子,松田 秀雄,橋本 昭洋,概念階層を持つパターン言語の帰納学習による遺伝子クラスタ解析への応用,情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決 99-MPS-26 41-44,1999.
  • 招待講演
  1. 遠里 由佳子,顕微鏡画像が可能にするシステムバイオロジーの新たな展開,第10回BKCバイオインフォマティクス研究会,立命館大学,滋賀,2018.
  2. 遠里 由佳子,京田 耕司,ホー ケネス,大浪 修一,BDML/SSBD: 生命動態情報と画像情報の統合データベースの開発. 第5回生命医薬情報学連合大会「バイオイメージインフォマティクス:大規模生命画像データの情報解析に基づく生物学」BoFセッション,東京,2016.
  3. 遠里 由佳子,生命動態システム科学の統合データベースSSBDの紹介,バイオイメージインフォマティク2014,岡崎コンベンションセンター,愛知,2014.
  4. 遠里 由佳子,大腸菌における表現型マイクロアレイデータ解析と数理モデルの構築,第4回次世代創薬プロジェクトワークショップ,立命館大学, 滋賀, 2013.
  5. 遠里 由佳子,代謝ネットワークの頑強性に着目した数理解析,電子情報通信学会2012年総合大会(依頼シンポジウム:数理的手法を用いたバイオロジー),岡山大学, 岡山, 2012.
  6. 遠里 由佳子,遺伝子の環境依存性に着目したPhenotype MicroArray 解析, 第3回BKCバイオインフォマティクス研究会,立命館大学,滋賀,2012.
  • 外部資金の獲得、特許・著作権等の知財権の取得など
  1. 平成28-30年度 科学研究費補助金(基盤研究(C)), 細胞の状態を表現する確率モデルの構築と細胞核の動態解析への応用,研究代表者.
  2. 平成25-26年度 科学研究費補助金(基盤研究(A)),長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略,研究分担者.
  3. 平成23-25年度 科学研究費補助金(若手研究(B)), 遺伝子機能の環境依存性に着目した代謝ネットワークのロバスト性機構の解明,研究代表者.
  4. 平成21-22年度 旭硝子財団研究助成, 呼吸量データを用いた大腸菌の中央代謝経路におけるロバスト性の解明,研究代表者.
  5. 平成17-19年度 科学研究費補助金(若手研究(B)),異種生物間の代謝ネットワークの構造比較に関する研究,研究代表者.
  6. 平成17-19年度 私立大学学術研究高度化推進ハイテクリサーチセンター整備事業,コンピュータサイエンスとライフサイエンスの統合による生命原理の解明,研究分担者.
  7. 平成13年度 特別研究員奨励費,多重アライメントアルゴリズムを用いたパスウェイ解析に関する研究,研究代表者.


  • 学会等における活動(学術集会の組織、雑誌編集など)
    バイオメージインフォマティクスワークショップ ローカル委員 (2016年1月〜2016年6月)
    電子情報通信学会 システム数理と応用研究会 運営委員 (2011年度~2015年度)
    日本バイオインフォマティクス学会年会 プログラム委員(2008年4月~2009年3月)
    情報処理学会 第71回全国大会 プログラム委員 (2008年4月~2009年5月)
    情報処理学会 バイオ情報学 運営委員 (2007年度~2010年度)
    情報処理学会 バイオ情報学論文誌 編集委員 (2007年度~2010年度)

遠里 由佳子 Yukako TOHSATO

  • 所属部署
    情報通信工学部 情報工学科 准教授
    大学院 工学研究科 情報工学専攻 准教授
  • 地域社会における貢献


  • 公的機関等における委員・役員など


  • 学会等の財団法人・社団法人における組織運営


  • 国内外における災害救助活動、NPO 活動など


  • その他

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